それこそ公開当初からMultiWallpaperで画像配置がバグるという報告は頂いていたのですが、自分の環境で再現できずに対応できないままでした。
それが今更ながら自分の環境で再現でき、原因が分かりましたので、時間を見つけて直そうかなぁと思っています。

　一応何が原因かを書いておくと、「System.Windows.Forms.Screenのはなしは信じるな」ということです。
.NET FrameworkのScreenクラスでディスプレイの情報を取得すると、ほとんどの場合はWindowsで認識されている順番と同じ順番で取得できるのですが、環境によっては順番が変わるようです。
自分の環境では問題なかったので同じ順番だと思っていましたが、まあ誰かが同じ順番と明言したわけではないですね…
対策は調べている途中ですが、おそらくWin32 APIでディスプレイの情報を取得するしかないのかなぁと…面倒だなぁ…