NEditor3に色分け機能をつけることができたのでついでに文字コード指定等もできるようにトライ。
とりあえずできたにはできたんですが…よく分からないところが多々…

　まずは…Footy2でShift_JISを使いたい時はプラットフォーム標準の文字コードを指定すれば良いんですかねという小さい謎。これはまあ良いんでしょうという結論になりました。
ただFooty2ではShift_JISの上位互換のShift_JIS-2004という文字コードも扱えまして、Shift_JISで保存したファイルを開いたらShift_JIS-2004と判別されたり、Shift_JIS-2004で保存したファイルを開いたらShift_JISと判別されたりします。判別ミスは仕方ないとは思いますが、Shift_JISとShift_JIS-2004ってあまり違いが分かんないんですよねえ…　正直別々に扱うとかなり混乱します。かといってShift_JISとShift_JIS-2004を一緒にして扱うわけにもいかないし…
Shit_JIS-2004の対応は無くしちゃうのが一番まともな対応方法でしょうか…と思いきやShift_JIS-2004のファイルを開いたらShift_JISで保存することになりますよね…　判別が怪しい以上、Shift_JIS-2004と判別したら開かない、というわけにはいきませんし…

　もう一つの問題はEUC-JP/EUC-JIS-2004の扱い。
Footy2ではEUC-JIS-2004という名前の文字コードが扱えますが、これは一般的に言われてるEUC-JPの上位互換らしいんですね。
とりあえず別のソフトで試した感じですが、EUC-JPで保存したファイルはEUC-JIS-2004でも文字化けせず開けて、EUC-JIS-2004で保存したファイルはEUC-JPでも文字化けせず開けるようです。
こちらを見てもEUC-JIS-2004もEUC-JPも同じように扱ってもほぼ問題はないようですが…どうなんでしょう。ネットで調べると互換性はないと書いてあるところもあったりしますが…
また、Footy2ではEUC-JPの認識・指定はできないため、EUC-JPファイルを開いたらEUC-JIS-2004と認識されてEUC-JIS-2004形式で保存されることになります。これは上のShift_JIS-2004にも言えますが…動作としてどうなんでしょうねえ…　Shift_JIS-2004・EUC-JIS-2004で保存しておけば、Shift_JIS-2004・EUC-JIS-2004で追加された文字がShift_JIS・EUC-JPで開こうとしたら表示できないという問題が起こるだけですみそうですが…

　以上だらだらと自分の調べたこと思ったことを書き出してみました。
とりあえずEUC-JP/EUC-JIS-2004の問題の方はEUC-JIS-2004として扱うという風にしておきましょうかね…　分かりやすく簡潔にreadmeに書いておかないと…
Shift_JIS/Shift_JIS-2004の問題の方はまだどうしようか決めかねています。Footy2のリファレンスにはVistaの標準の文字コードとありますが、ネットで調べるとVistaはShift_JIS-2004には対応してないとの情報もあり、判別ミスも含めてますます謎です…
書きながらいろいろ調べてみていますが謎は深まるばかりです…