交換手順は、
・交換先HDDをMac OS用パーティションとBoot Camp用パーティションに分けてフォーマット
・OS Xのデータをディスクユーティリティの復元で移行、Boot Camp領域のWindowsのデータをWincloneで移行
・HDDを交換
と一般的なものです。
データをそのままコピーするので、交換直後からそのまま使えるわけですが、Boot Camp用パーティションの位置が変更されたため、VMWare Fusion 3のBoot Camp領域の仮想マシンを追加し直す必要がありました。
また、MacBook Late 2009(MC207J/A)の物理的なHDDの換装手順の情報が見つからなかったので、ここに写真を載せておきます。
外すねじは矢印で示してあり、シリアルナンバーや怪しいと思った箇所は隠してあります。

底面カバーのねじを外します。+の00番ドライバーが使えました。

カバーを外します。右下がHDDです。

2つのねじを外します。同じく00番ドライバーが使えました。

ねじを外した部分の細長いパーツを外した後、半透明なやつを引っ張ると簡単にHDDを持ち上げられます。そしてこのHDDに付いているねじをトルクスドライバー（T6ドライバー、近くでは売っていなかったのでサンワのドライバーセット（星形T-6・9）を購入しました）で取り外します。反対側にも2つ、計4つあります。

後は交換先のHDDを逆の手順で取り付ければ完了です。写真の左のHDDから右のHDDに交換しました。